200X년, 모든 사람들이 사이버 네트워크에 연결된 시대가 도래했습니다. 사람들은 개인 단말기인 PET(개인 터미널)를 가지고 다니며, 인공지능 프로그램인 넷내비(NetNavi)와 짝을 이루고 있습니다. 컴퓨터 덕분에 세상은 화려하고 빛나는 유토피아가 되었지만, 이 paradise에는 항상 문제가 존재하죠. PET와 넷내비의 발명은 많은 이점을 가져왔지만, 해킹, 바이러스 확산 등 고급 기술 범죄가 심각한 문제로 떠오르고 있습니다. 그리고 이 모든 것을 파괴하려는 악의 조직, 월드 쓰리(World Three)가 등장했습니다. 우리의 주인공, 랜 히카리(란 히카리)는 호기심이 많고 밝은 성격의 5학년 소년입니다. 그의 넷내비, 메가맨과 함께 힘을 합쳐, 랜은 이 기술의 경이로움을 지키기 위해 최선을 다합니다. 랜과 메가맨은 사이버 세계와 현실을 넘나들며 월드 쓰리의 세계 정복 음모를 저지하기 위해 끊임없이 싸웁니다! 이들의 모험은 과연 어떻게 전개될까요?