고구구는 세상에 존재하는 모든 정보를 검색할 수 있는 신비로운 앱이에요. 일반적인 검색 엔진과는 달리, 정부의 기밀 문서나 개인의 일기까지도 찾아낼 수 있죠. 하지만 이 앱을 사용할 수 있는 기기는 '슈퍼 스마트폰'이라는 아주 작은 장치에 한정되어 있어요.
고등학교 1학년인 규 "Q" 사구라다도 우연히 이 슈퍼 스마트폰을 갖게 되었어요. 그는 학업적으로는 뛰어난 능력을 가지고 있지만, 모든 시험을 게임처럼 여기며 간신히 통과하려고 해요. 이런 행동은 7년 전, 그의 동생인 슈가 흔적도 없이 사라진 사건에서 비롯된 거예요. 경찰이 최선을 다했지만, 사건은 해결되지 않았죠.
이제 Q는 새로운 스마트폰을 통해 동생의 실종 사건을 해결할 수 있을 거라 생각해요. 하지만 검색을 시도해보니 관련 정보는 모두 잠겨있더라고요. 그래서 그는 '고구구 포인트'를 모아 정보를 열어야 해요. 하지만 스마트폰을 계속 사용하면서, 자신 외에도 다른 슈퍼 스마트폰 사용자들이 존재하고, 그들이 세상을 조작하고 있을지도 모른다는 사실을 깨닫게 돼요.