16세기 일본, 신멘 다케조는 거칠고 난폭한 젊은이로, 그의 외모와 행동 모두가 그러하다. 그의 공격적인 성격 때문에 마을 사람들은 그를 두려워하고 비난하게 되고, 결국 그는 가장 친한 친구인 마타하치와 함께 더 큰 세상을 찾아 도망치기로 결심한다. 두 친구는 도요토미 군대에 입대하지만, 세키가하라 전투에서 도요토미가 도쿠가와 가문에게 참패하면서 그들은 간신히 목숨을 건진다.
이후 두 사람은 헤어지게 되고, 신멘은 마타하치의 생존 소식을 전하기 위해 집으로 돌아가지만, 그는 친구의 살인범으로 누명을 쓰고 도망자 신세가 된다. 결국 그는 붙잡혀 나무에 매달려 죽을 위기에 처하게 된다. 그때, 떠돌이 승려인 타쿠안 소호가 그를 불쌍히 여겨 비밀리에 구출하고, 그를 추적하는 당국을 피하기 위해 새로운 이름, 무사시 미야모토를 지어준다.
'바가본드'는 일본의 전설적인 검객, '검의 성자' 무사시 미야모토의 삶을 허구적으로 재구성한 이야기로, 그가 '천하무적'이 되기를 원했던 검객에서 친구의 소중함과 자기 성찰, 그리고 삶의 의미를 깨닫는 깨달은 전사로 성장하는 과정을 그린다.