전 세계에서 끔찍한 존재인 팬텀들이 인간의 생명력을 빼앗고 있어요. 이들을 물리칠 수 있는 유일한 존재는 바로 마법 소녀들이죠. 그런데 이 선과 악의 대결에 도전하는 존재가 하나 있어요. 그건 바로 그림자 팬텀인 쉐이드로, 16세의 탄포포 오하나미를 어린 시절부터 다른 팬텀들과 그녀의 가끔씩의 실수로부터 지켜왔어요.
어느 날 학교에서 탄포포는 마법 소녀를 관리하는 특별한 반팬텀 조직인 버터플라이에 호출돼요. 그들은 탄포포가 강력한 마법 소녀가 될 잠재력이 있다고 믿고 있어요. 하지만 쉐이드는 그녀가 마법 소녀가 되면 적이 될 것이라고 경고하죠. 탄포포는 가장 믿을 수 있는 친구와 함께 싸우고 싶었지만, 그녀가 우연히 자신의 힘을 깨닫게 되면서 팬텀과 마법 소녀에 대한 진실이 그녀가 알고 있던 현실과는 전혀 다르다는 것을 깨닫게 돼요.
이 이야기는 탄포포가 자신의 정체성과 친구와의 관계를 어떻게 조정해 나가는지를 그려내고 있어요.